Setelah penjahat super Shredder lolos dari tahanan, dia bergabung dengan ilmuwan gila Baxter Stockman dan dua antek bodoh, Bebop dan Rocksteady, untuk melancarkan rencana jahat untuk mengambil alih dunia. Saat Turtles bersiap menghadapi Shredder dan kru barunya, mereka menghadapi kejahatan yang lebih besar dengan niat serupa: Krang yang terkenal kejam.